Komisja Krajowa jest władzą nadrzędną wobec zarządów regionów, rad sekretariatów i sekcji branżowych. W jej skład wchodzą: przewodniczący Komisji Krajowej, przewodniczący zarządów regionów, przewodniczący rad krajowych sekretariatów branżowych, przewodniczący Rady Krajowego Sekretariatu Emerytów i Rencistów, pozostali członkowie Komisji Krajowej wybrani przez Krajowy Zjazd Delegatów.
Do zakresu działania Komisji Krajowej należy:
- reprezentowanie całego Związku wobec władz i organów administracji państwowej i gospodarczej a także innych organizacji i instytucji;
- koordynowanie działań i uchwalanie wiążących ustaleń dla wszystkich struktur organizacyjnych Związku;
- uchwalanie budżetu;
- rejestrowanie krajowych struktur branżowych;
- zawieranie układów zbiorowych z możliwością scedowania swoich uprawnień na władze innych struktur Związku lub organy przedstawicielskie, z zastrzeżeniem postanowień § 35;
- podejmowanie decyzji o wejściu w spór zbiorowy i o strajku o zasięgu ponadregionalnym;
- wybór członków prezydium.