W czasie II wojny światowej Muzeum Okręgowe w Toruniu (ówczesne Muzeum Miejskie) utraciło wiele cennych dla historii miasta, regionu i kraju muzealiów. Ich losy pozostają nadal nieznane, część zasobów może znajdować się w magazynach niemieckich lub rosyjskich, a także w kolekcjach prywatnych. W przygotowanym przez Muzeum w 1945 roku Kwestionariuszu strat i zniszczeń w zakresie dzieł sztuki oraz zabytków kultury i przyrody wykazano 1065 obiektów, w tym ryciny, monety, medale, naczynia, skrzynki cechowe, formy piernikowe, ceramika artystyczna, szkło, ceramika prehistoryczna, elementy strojów ludowych. Wśród dzieł zaginionych są też trzy obrazy olejne z pierwotnego wyposażenia Sali Sadowej Ratusza Staromiejskiego – Sąd Salomona, Chrystus Sędzia Świata, Tablica X Przykazań (wywiezione w 1944 roku do Marburga), portret Władysława IV z hołdem Malborka, którego autorem jest Bartłomiej Strobel, Widok Torunia od strony Wisły z XVIII wieku, portrety mieszczan – m.in. Puhana, Malza i Adolfa, małżeństwa Krügerów, radcy Adolfa w wieku młodzieńczym, jedenaście tarcz herbowych, manierystyczna ława Sądu Nowego, dwa piece z XVIII wieku i obraz Hansa Jacobiego Zerwanie kry na Wiśle w Toruniu. Niestety, w latach powojennych udało się odzyskać tylko nieliczne zabytki, w tym m.in. dziewiętnaście tarcz herbowych, portrety mieszczańskie, obraz olejny P. Wieckenberga Pejzaż morski czy korzec chełmiński. Mimo upływu lat wciąż nie są znane losy toruńskich zbiorów. Dzieła Utracone Madonna Brzemienna nazywana była czasami Madonną Dobrej Nadziei. Wapienna rzeźba wykonana około 1400 roku. Przed wojną eksponowana była w Ratuszu Staromiejskim. Zaginęła w czasie II wojny światowej. Na fotografii kopia wykonana przed 1939 rokiem, fot. A. Czarnecki, 1946. Chrystus Sędzia Świata obraz olejny z pierwotnego wyposażenia Sali Sądowej Ratusza Staromiejskiego, 1943. Ratusz Staromiejski w Toruniu zrujnowany pożarem w 1703 roku, widok od strony wschodniej, Fryderyk Jerzy Steiner, XVIII w. Zbiór rysunków z widokami i zabytkami Torunia wykonany został przez toruńskiego białoskórnika Fryderyka Jerzego Steinera w pierwszej połowie XVIII wieku. Przed wojną przechowywany był w Archiwum Miejskim. W okresie okupacji, decyzją władz niemieckich, został przekazany do Muzeum Miejskiego w celu częstszego upowszechniania. W tym też czasie rysunki zostały przefotografowane przez niemieckiego fotografia Kurta Grimma. We wrześniu 1944 roku tzw. Album Steinera, wraz z innymi zabytkami z toruńskiego Muzeum, został wywieziony z Torunia i ślad po nim zaginał. Rysunki Steinera znamy dziś głównie dzięki fotografiom i kliszom szklanym Kurta Grimma. Utracony przez Muzeum w czasie II wojny światowej obraz „Władysław IV i hołd Malborka” pędzla Bartłomieja Strobla z około 1640. Fotografia wykonana przed 1939 r. Cykl widoków stworzonych przez Carla Albertiego, nadwornego malarza dworu landgrafa hesko-darmsztadzkiego Ludwika X, powstał w czasie jego podróży przez Toruń w latach 1790-1793. Album składał się z 13 widoków przedstawiających Toruń, Kępę Bazarową oraz zamek dybowski. W latach 1940-1942 na zlecenie okupacyjnych władz niemieckich zostały one przefotografowane przez Kurta Grimma. Do dnia dzisiejszego fotografie te przechowywane są w zbiorach Muzeum Okręgowego w Toruniu. Oryginały natomiast zaginęły. Zostały wywiezione przez Niemców pod koniec II wojny światowej w czasie akcji grabieży toruńskich dzieł sztuki. Pozostała jedynie bezcenna dokumentacja fotograficzna wykonana przez Grimma. To także obraz z zaginionego w czasie II wojny światowej tzw. albumu Carla Albertiego. Intersujący szczegół na fotografii stanowi kolumna z figurą Matki Bożej Niepokalanie Poczętej wzniesiona w latach 1725 – 1730 dla upamiętnienia wydarzeń tumultu toruńskiego. Pomnik został rozebrany w 1817 roku na polecenie władz pruskich.