W skład Krajowej Sekcji Nauki w wyniku dobrowolnego akcesu wchodzą organizacje zakładowe szkół wyższych, instytutów Polskiej Akademii Nauk i instytutów resortowych (jednostek badawczo-rozwojowych).
Najwyższą władzą Sekcji jest Walne Zebranie Delegatów KSN. Na sprawozdawczo-wyborczym WZD wybierany jest Przewodniczący KSN, Rada KSN, przewodniczący komisji stałych i Komisja Rewizyjna.
Rada KSN kieruje działalnością Sekcji pomiędzy WZD. Rada KSN wyłania ze swego składu Prezydium, które prowadzi bieżącą działalność Sekcji. W celu usprawnienia działalności merytorycznej powoływane są przez WZD lub przez Radę komisje i zespoły, stałe i doraźne.
Dla usprawnienia organizacyjnego tworzone są Lokalne Ośrodki KSN. Niektóre z nich funkcjonują jako regionalne sekcje nauki.