Organizacja zakładowa to podstawowa jednostka organizacyjna Związku, obejmująca swoim działaniem jednego pracodawcę, co oznacza, że członkami tej organizacji nie mogą być pracownicy zatrudnieni przez innych pracodawców. Przyjęcie na członka Związku pracownika innego pracodawcy zmienia status organizacji z zakładowej na międzyzakładową. Organizacja zakładowa posiada osobowość prawną, którą nabywa wraz z wszystkimi innymi uprawnieniami z chwilą rejestracji przez właściwy zarząd regionu.
Pracownicy zatrudnieni u danego pracodawcy, chcący utworzyć organizację zakładową, tworzą tymczasową komisję zakładową, która następnie rejestruje organizację zakładową we właściwym zarządzie regionu (patrz: Mapa regionów na stronie głównej). Tymczasowa komisja zakładowa pełni funkcje komisji zakładowej do czasu wyboru władz tej organizacji. Wybory przeprowadza się w ciągu 6 miesięcy od daty zarejestrowania przez zarząd regionu danej organizacji zakładowej.