Ks. Wojciech Pełkowski był aktywnym działaczem opozycji antykomunistycznej na Białostocczyźnie.

W 1981 roku wspierał działania NSZZ Rolników Indywidualnych „Solidarność” w gminie Dąbrowa Białostocka. W 1982 roku podczas Mszy Św. w Dąbrowie Białostockiej sprzeciwił się zdejmowaniu krzyży w szkołach i urzędach. Ponadto w rozmowach z rolnikami wyrażał się negatywnie o wprowadzeniu stanu wojennego. Z uwagi na powyższe przeprowadzono z nim rozmowę ostrzegawczą. Z powodu głoszenia patriotycznych kazań został zaliczony przez władze wojewódzkie do grupy kapłanów prowadzących tzw. wywrotową działalność polityczną. Przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa był określany jako zagorzały zwolennik „Solidarności” negatywnie ustosunkowany do PRL.

W 1984 roku ks. W. Pełkowski został kapelanem Duszpasterstwa Ludzi Pracy przy Spółdzielni Inwalidów „Naprzód” w Białymstoku, a w 1986 roku - diecezjalnym kapelanem Duszpasterstwa Ludzi Pracy. Organizował pielgrzymki do polskich sanktuariów, comiesięczne wyjazdy do Warszawy na Msze Św. za ojczyznę, a także kolonie dla dzieci pracowników Spółdzielni Inwalidów „Naprzód”. Odprawiał Msze Św. ważne dla białostockich działaczy NSZZ „Solidarność”: w 1986 roku z okazji obchodów święta 11 Listopada, w 1987 roku dla byłych internowanych, więzionych i prześladowanych przez władze działaczy podziemnej „Solidarności”, w 1989 roku z okazji ósmej rocznicy poświęcenia sztandaru NSZZ „Solidarność” Zarządu Regionu Białystok. Jego mieszkanie było miejscem spotkań białostockich działaczy „Solidarności”, a także punktem sieci kolportażu nielegalnych wydawnictw.