Dialog autonomiczny na poziomie krajowym prowadzony jest pomiędzy organizacjami pracodawców oraz związków zawodowych reprezentatywnymi na poziomie krajowym. Jest to forma dialogu dwustronnego odbywająca się w sposób najmniej sformalizowany, bez jakiejkolwiek ingerencji ze strony władzy publicznej. Przed 2004 r. w zasadzie w Polsce niepraktykowana.
Impulsem dla rozwoju dialogu autonomicznego stało się wejście Polski do Unii Europejskiej. Główne polskie organizacje partnerów społecznych: NSZZ „Solidarność”, OPZZ, Polska Konfederacja Pracodawców Prywatnych „Lewiatan”, Konfederacja Pracodawców Polskich oraz Związek Rzemiosła Polskiego, uczestnicząc w europejskim dialogu społecznym zobowiązane są do czuwania nad wdrażaniem jego rezultatów na poziomie krajowym. Dotyczy to m.in. tzw. europejskich porozumień autonomicznych, za które odpowiedzialni są sami partnerzy społeczni.
W 2005 r. zainicjowano pierwsze takie negocjacje dotyczące uregulowania zasad wykonywania telepracy. Zakończyły się one podpisaniem porozumienia, które posłużyło następnie za punkt wyjścia do – zaakceptowanych przez Trójstronną Komisję ds. Społeczno-Gospodarczych, zmian w Kodeksie pracy.
W 2008 r. partnerzy społeczni podpisali z kolei wspólną deklarację dotyczącą przeciwdziałania stresowi związanemu z pracą.
W ramach dialogu autonomicznego odbywa się także wspólne raportowanie dotyczące wdrażania europejskich ram działań odnoszących się np. do upowszechniania „uczenia przez cale życie” lub promowania równości płci w środowisku pracy.
Podejmowane są także próby dwustronnych negocjacji w ramach Trójstronnej Komisji ds. Społeczno-Gospodarczych, mających na celu wypracowanie wspólnego stanowiska wobec propozycji strony rządowej. W 2005 r. doszło do takich uzgodnień w odniesieniu do projektu ustawy o informowaniu pracowników i przeprowadzaniu z nimi konsultacji. Natomiast w 2009 r. wynegocjowany został tzw. pakiet antykryzysowy. W obydwu jednak przypadkach doszło później do podważenia rezultatów zawartych porozumień, co stawia pod znakiem zapytania przyszłość tej formy dialogu w odniesieniu do aktów normatywnych.
Najbardziej rozpowszechniona w Polsce forma dialogu dwustronnego prowadzona na poziomie przedsiębiorstwa między związkami zawodowymi i pracodawcą. Głównym instrumentem są negocjacje prowadzące do zawarcia zakładowego układu zbiorowego pracy (ZUZP). Od kilku lat liczba rejestrowanych ZUZP jednak systematycznie spada, nie przekraczając 200 w skali rocznej.
W polskim porządku prawnym istnieje także możliwość prowadzenia rokowań zbiorowych w celu zawierania na poziomie firmy innych porozumień o charakterze normatywnym, takich jak: porozumienie w sprawie zwolnień grupowych, tzw. porozumienia zawieszające oraz porozumienia zawierane w toku sporu zbiorowego.
Szczególnego rodzaju formą dialogu na poziomie zakładowym są pakiety socjalne, a więc porozumienia zawierane z jednej strony przez związki zawodowe, z drugiej – przez inwestora strategicznego, który zamierza nabyć akcje przedsiębiorstwa państwowego będącego w trakcie prywatyzacji. Ich prawny charakter jest wciąż przedmiotem dyskusji ze względu na rozbieżność pomiędzy częścią orzecznictwa Sądu Najwyższego a poglądami wyrażanymi w doktrynie prawa pracy.
Prowadzony jest między branżowymi federacjami związków zawodowych (lub też w przypadku NSZZ „Solidarność”: krajowymi sekretariatami i sekcjami branżowymi Związku), a sektorowymi organizacjami pracodawców.
Głównym narzędziem prowadzenia tego dialogu są ponadzakładowe układy zbiorowe pracy (PUZP). Należy pamiętać, że takie układy mogą być zawierane także dla pracowników jednostek państwowej lub samorządowej strefy budżetowej. Po stronie pracodawcy występują wówczas organy administracji publicznej, a autonomia stron ma charakter ograniczony. Wśród 169 układów wpisanych do rejestru prowadzonego przez Ministerstwo Pracy i Polityki Społecznej znajduje się 8 PUZP zawartych z organizacjami pracodawców, a więc zapewniających pełną autonomię stron. Mimo rozrostu organizacji pracodawców branżowych, od wielu lat nie udaje się podjąć negocjacji nowych układów ponadzakładowych w sektorach zdominowanych przez pracodawców prywatnych.
Branżowi partnerzy społeczni mają także możliwość zawierania porozumień nie mających charakteru normatywnego. W 2003 r. zostały podpisane porozumienia ramowe dotyczące współpracy na rzecz rozwoju dialogu autonomicznego w sektorach: metalowym, chemicznym i przemysłu lekkiego.
Brak rozbudowanych mechanizmów dwustronnego dialogu branżowego sprawia, że istotną rolę odgrywają trójstronne zespoły branżowe, które sukcesywnie były powoływane przy właściwych ministerstwach w celu prowadzenia trójstronnego dialogu sektorowego dla godzenia interesów stron, podczas realizacji programów działania rządu oraz rozwiązywania problemów dotyczących funkcjonowania branży. Działają one poza Trójstronną Komisją ds. Społeczno-Gospodarczych.